Basé à Tangmere au moment de la déclaration de guerre et équipé de Hurricane I en septembre 1939, le Squadron 43 s'installe à Acklington en novembre afin de protéger les bases navales écossaises et les convois maritimes dans la mer du Nord. Grâce à ce positionnement initial durant la drôle de guerre, le Squadron parvient à remporter plusieurs victoires rapidement, en particulier en avril 1940, époque à laquelle le Squadron à fait mouvement vers Wick afin d'intercepter les raids en direction de Scapa Flow lors de l'invasion de la Norvège par les troupes Allemandes. Fin mai 1940, le Squadron retourne à Tangmere avec un détachement à Northolt pour opérer au-dessus de la France.

Au cours de l'été, le Squadron est engagé dans la Bataille d'Angleterre et s'il remporte de nombreuses victoires au cours de cette période, cela ne se fait pas sans pertes. Le 8 septembre, le Squadron est envoyé au repos à Usworth, le total de ses victoires s'élevant alors à 97 victoires. En décembre, le Squadron fait mouvement vers Drem où, en avril 1941 il perçoit des Hurricane IIa et IIb. Le Squadron est ensuite engagé dans des patrouilles défensives et des missions de protection de convois au cours desquelles il remporte plusieurs victoires, notamment le commandant de l'unité le Squadron Leader Tommy Dalton-Morgan. En octobre, l'unité s'installe à Acklington où en décembre le Squadron reçoit des Hurricanes IIc.

De retour à Tangmère en juin 1942, il prend part à des Sweep, des missions intruder de nuit. Le 19 août, il prend part à l'opération "Jubilée" et assure la couverture du débarquement à Dieppe. En septembre, nouveau départ pour Kirton-in-Lindsey en vue de l'envoi de l'unité vers l'Afrique du Nord. Arrivé le 8 novembre en Algérie, le Squadron reçoit de nouveaux Hurricane IIc et participe à la défense des troupes Alliées contre les attaques de la Luftwaffe. Il participe ensuite à la Campagne de Tunisie et perçoit des Spitfire Vc en mars 1943. En juin, le Squadron intègre le Wing 324 de la Desert Air Force à Malte afin de prendre part à l'invasion de la Sicile puis aux opérations sur l'Italie. Les premiers Spitfire IX arrivent en août et remplacent totalement les Spitfire V en janvier 1944.

En août 1944, des Spitfire VIII remplacent les Spitfire V et le Wing 324 fait mouvement vers la Corse dans la cadre du débarquement en Provence. En octobre, il retourne en Italie. Du fait de la forte diminution de l'opposition dans les airs, le Squadron est essentiellement employé dans des missions d'attaque au sol jusqu'à la fin de la guerre qu'il termine en Autriche à Klagenfurt. Il termine la guerre avec un palmarès de 159 victoires.